
		Пресс-релизы / Февраль 2003

RSS-лента

Новости

Пресс-релизы

Поиск по компаниям


Расширенный поиск
Обзоры сети

Архив пресс-релизов

2002 г

2003 г

янв	фев	мар	апр
май	июн	июл	авг
сен	окт	ноя	дек
февраль

2004 г

2005 г

2006 г

2007 г

2008 г

2009 г

2010 г

2011 г

2012 г

2013 г

Пресс-релизы

17 февраля 2003 г

Украинский кластер помогает создавать новые лекарства против СПИДа

18 февраля на выставке EnterEX 2003 состоится демонстрация вычислительного кластера на базе процессоров AMD и презентация результатов его работы в прикладных задачах - биохимии и математическом моделировании.

С помощью кластера компании Entry проводится расчет молекулярной динамики ВИЧ-1 протеазы, что является одним из основных этапов разработки лекарств против СПИДа. Модельная постановка задачи предложена сотрудниками института молекулярной биологии и генетики НАН Украины (ИМБиГ НАНУ). Полученные результаты и имеют большое значение для создания отечественных препаратов против вируса иммунодефицита человека (ВИЧ).

Мировая практика компьютерного моделирования для нужд фармацевтики свидетельствует, что применение кластерных систем и параллельных вычислений ускоряет на несколько лет процесс создания новых лекарств и их вывода на рынок. Не только зарубежная практика, но и собственный опыт эксплуатации кластера Entry доказывает оправданность вложений (более чем скромных) в оборудование для компьютерного проектирования и моделирования.сложных динамических систем

С июня 2002г. проведено несколько этапов симуляции молекулярной динамики ВИЧ-1 протеазы. Применение параллельных вычислений позволяет в несколько раз ускорить процесс расчетов. Для примера, расчет 1 (одной) наносекунды молекулярной динамики системы из 36 500 атомов занимает на кластере Entry одни сутки (тогда как, на однопроцессорном PIII 850 процесс занимает 12 суток). Результаты расчетов согласуются с экспериментальными данными, что, в свою очередь, свидетельствует о надежности метода компьютерного моделирования молекулярной динамики белков. Высокие темпы получения результатов доказывают эффективность использования кластеров.

Конечным результатом проводимых исследований будет априорный компьютерный дизайн нового ингибитора ВИЧ-1 протеазы. Итоги данной работы предполагается опубликовать в научных изданиях. Предварительные данные будут представлены заведующим отдела белковой инженерии ИМБиГ НАНУ, профессором Александром Корнелюком, во время выставки EnterEX-2003 на стенде компании Entry, 18 февраля в 14:00.

О проекте института молекулярной биологии и генетики НАНУ (ИМБиГ НАНУ)

Одним из ключевых ферментов созревания вируса СПИД является ВИЧ-протеаза. Для лечения СПИДа используют ингибиторы этого фермента v лекарственные препараты, оказывающие значительный положительный клинический эффект на всех стадиях ВИЧ-инфекции.

На стадии выбора эффективного ингибитора требуется большой объем достоверных данных о подвижности (динамике) белковых комплексов. Расчеты динамики фермента ВИЧ-протеазы требуют крупномасштабных компьютерных вычислений. В Украине работой по компьютерному дизайну ингибиторов ВИЧ-протеазы нового типа занимаются в ИМБиГ НАНУ в отделе белковой инженерии. С июня 2002г. ученые института используют мощный компьютерный кластер Entry и современное программное обеспечение (GROMACS, WHATIF, GAMESS, Deep View, Rasmol, VMD). При выполнении расчетной задачи удалось добиться производительности порядка 3.28 Гигафлопс на 4-х нодах для задач программы GROMACS (прикладной пакет GROMACS, оптимизированный для работы на параллельных системах).

Работа имеет большое практическое значение не только для создания отечественных лекарств против СПИДа, но и других заболеваний, где мишенями для терапии могут быть белки. Развитие данного научного направления приведет к формированию в Украине одной из наиболее современных отраслей v компьютерного дизайна новых лекарственных средств - и обеспечит ей выход на мировые рынки с наукоемкими технологиями.

О кластере Entry&Юстар на базе процессоров AMD

Вычислительный кластер высокой производительности на платформе AMD построен объединением усилий компаний Entry и Юстар и работает с июня 2002 года. Проект создавался для популяризации кластерных решений в Украине, в первую очередь в научных кругах. Для демонстрации возможностей кластера на площадке Entry бесплатно предоставляется машинное время под вычислительные проекты, освещение которых может заинтересовать научно-техническую общественность Украины и мира.

В данный момент с помощью кластера реализуются два научных проекта:

Расчет молекулярной динамики ВИЧ-1 протеазы Институтом молекулярной биологии и генетики.

Численное моделирование процессов диффузии примесных атомов на поверхности полупроводников, которое проводится учеными-радиофизиками национального университета имени Тараса Шевченко.

Базовый модуль кластера построен из 4-х двухпроцессорных узлов (нод) SMP-архитектуры с процессорами AMD Athlon MP. Для обеспечения высокой производительности расчетов, требующих интенсивного сетевого траффика, кластер оснащен оборудованием GigabitEthernet. Удобство работы обеспечивают рабочая станция управления и рабочая станция визуализации. Кластер допускает удаленное управление и мониторинг ресурсов. Система выполнена масштабируемой и, в зависимости от задачи, может использоваться со статическим или динамическим масштабированием.

В соответствии с мировым и собственным опытом, система построена на компонентах, которые обеспечивают наиболее оптимальное соотношение цена/производительность при построении суперкомпьютерных комплексов. Реализация технологий, которые легли в основу проекта, доказывает доступность и посильность инвестиций практически для каждой организации, использующей в работе интенсивные вычисления.

Подробнее о кластере Entry и выполняемых на нем проектах можно прочитать здесь:

http://www.entry.kiev.ua/Cluster/

версия для печати