3 мая 2013 г
Прорыв в изучении ВИЧ достигнут благодаря графическим ускорителям NVIDIA
NVIDIA объявила о том, что исследователи из Университета Иллинойса в Урбана-Кампейн (UIUC) добились большого прорыва в борьбе с распространением вируса иммунодефицита (ВИЧ) с помощью графических процессоров NVIDIA Tesla.
Вынесенная на обложку последнего издания журнала Nature, самого цитируемого в мире междисциплинарного научного журнала, новая статья рассказывает о том, как исследователи из Университета Иллинойса в сотрудничестве с исследователями из Медицинской школы Университета Питтсбурга впервые определили точную химическую структуру белковой оболочки, которая защищает генетический материал вируса и служит ключом к его вирулентности. Такой прорыв может помочь в создании новых, более эффективных антиретровирусных средств против вируса, убившего примерно 25 млн людей и заразившего еще 34 млн.
Исследователи из Университета Иллинойса определили структуру белковой оболочки ВИЧ с помощью первого атомарного моделирования на суперкомпьютере Blue Waters. Суперкомпьютер Cray XK7, основанный на 3000 мощных и эффективных ускорителях NVIDIA Tesla K20X, предоставил ученым вычислительную мощь для проведения самого крупного моделирования, включающего 64 млн атомов.
С планируемым увеличением количества GPU в системе Blue Waters ученые из Университета Иллинойса планируют увеличить количество проводимых симуляций, чтобы получить еще больше сведений о структуре и поведении белковой оболочки ВИЧ.
Исследование белковой оболочки стало важной задачей при создании новых антиретровирусных лекарств, в основном благодаря тому факту, что у макак-резусов выработался иммунитет к ВИЧ из-за белка, который нарушает функционирование беловой оболочки.
Белковая оболочка вируса содержит его генетический материал, который она защищает и внедряет в клетки человека. Проникнув внутрь, оболочка высвобождает этот материал и вызывает инфицирование. Ни одно из существующих лекарств против ВИЧ не предполагает воздействие на белковую оболочку. Однако с появлением новых данных по структуре белковой оболочки ВИЧ фармакологи получили возможность создавать новые и потенциально более эффективные лекарства против ВИЧ.